这次事业单位机构改革的主要任务包括清理整顿，优化布局结构；科学分类，转变管理方式；实施“九定”，规范机构编制管理三方面，具体内容如下：
一、清理整顿，优化布局结构
采取撤销、合并、转制、脱钩的方法，对事业单位进行清理整顿，优化布局结构，逐步构建结构布局合理、资源有效配置的事业单位发展新格局。
l、撤销。对职能已转移，经费无来源或长期不出成果，经济、社会效益差、市场无需求的事业单位，予以撤销。
2、合并。对设置过于零散、规模过小、服务对象单一、职责相近、市场需求不足和因部门所有重复设置的事业单位，要适当合并。
3、转制。对从事生产经营活动、资源配置以市场为主、能够自负盈亏、已经具备市场化条件和营利性的各类培训中心、房管站、基建处、物资站、招待所、应用科研所和勘察设计等事业单位，进行转企改制或实行企业化管理，使其成为市场竞争的主体。
4、脱钩。对各类经济鉴证类、职业介绍所、信息咨询等具有社会中介服务性质的事业单位进行清理整顿，不能撤销的，原则上财政不予补助，经费自理；具备条件的，逐步与主管部门脱钩。
二、科学分类，转变管理方式
依据职能，将保留的事业单位分为行政支持、纯公益、准公益和经营四种类型(分类范围附后)，逐步实现分类管理。
l、分类标准
(1)行政支持类事业单位。主要指经国家法律和法规授权、受政府委托承担具体行政行为或具有为政府行政行为提供行政支持、执法监督、行政保障等职能的单位，如各类行政执法机构、独立监督机构等。
(2)纯公益类事业单位。主要指承担国家交办的发展公益事业任务，面向社会提供普遍服务的单位。如义务教育、基础科研、社科研究、信息统计、公共图书馆、纪念馆、博物馆、文物保护、群众艺术馆、文化馆、公共卫生服务、环境保护、体育运动、社会福利等单位。
(3)准公益类事业单位。主要指承担国家交办的发展公益事业任务，面向社会提供普遍服务但不是国家指定性任务，而是国家允许、提倡和鼓励发展的公益事业。如非义务教育、非营利医疗卫生、文化艺术、水利资源维护、文化设施、体育设施、基层农业社会化服务机构等单位。
(4)经营类事业单位。主要指承担的不是国家指令性任务，而是国家允许、提倡和鼓励的公益事业，其产品具有一定公益性的单位。如大中专学校所属的实习工厂、农场、俱乐部、宾馆(培训中心)、招待所、房屋维修队、劳动服务公司、物资供应站、开发性科研机构、市政施工单位、房地产管理单位、工程勘察设计单位、非公益性地质勘察单位、经济鉴证类社会中介机构、电影公司、各类农林牧渔场等单位。
2、分类管理
(1)行政支持类。只允许政府举办，经费来源完全靠财政拨款，有执法收费职能的单位要严格执行“收支两条线”。依照国家有关标准配备编制，严格控制总量和编制规模，其管理体制和运行机制可依照国家机关进行管理。
(2)纯公益类事业单位。要严格控制发展规模和增长幅度。在控制总量和编制规模的同时，参照国家有关标准，按照其所承担的社会公益性、基础性和业务项目的多少，核定人员编制和财政补助，实现宏观控制、科学管理和合理布局，适应建立公共财政体制的需要。
(3)准公益类事业单位。建立政府补贴和收费相结合的、非营利的成本补贴机制，按照政府有关部门确定的公益服务价格进行收费，收不抵支时，政府核拨一定经费予以支持。要实行社会化、市场化运作，逐步削减财政补贴。几涉及由财政支持的单位要严格控制机构编制。
(4)经营类事业单位。按照人员编制实行总量控制的要求，从有利于事业发展需要出发，凡实行企业化管理的单位，由地区编办审批后，其内设机构编制调整均实行备案制。对这类单位实行社会化管理，逐步由依法进行法人登记取代机构编制行政审批。
三、实施“九定”，规范机构编制管理
按照依法规范的原则，对保留的事业单位实施“九定”、具体操作要注重合理配置职责任务，精简人员编制，规范机构管理。
1、定机构名称。名称要体现事业单位自身特点，要与党政机关、企业和社会团体单位名称有所区别。事业单位名称由三部分组成：一是机构地域位置或隶属关系；二是基本工作内容或工作性质；三是机构组织方式中心词。中心词一般称院、校、馆、所、台、站、社、团、队、园、中心。
2、定隶属关系。属于主管部门设立的，明确由哪个主管部门管理；属于两个以上部门共同设立或双重领导的，明确主管、协管部门和各自管理范围；属于委托管理的，明确委托管理关系和管理范围。结合专业经济管理部门的机构改革，对为行业服务所设置的机构，按行业分类明确其隶属关系；其它事业单位按照政府职能调整渠道和专业职能相关联确定隶属关系。
3、定职责任务。要实事求是，准确具体，条理清晰，反映专业性特点。事业单位承担的行政管理职能原则上要交归行政机关。对承担行政管理职能既有公益性、又具有技术性服务等职责的混合型事业单位，政事分开确有实际困难而不能一步到位的，要按照行政审批权限，经机构编制部门批准或经机构编制部门审核报同级政府批准，可通过委托方式交由其承担相关职能。除法律、法规授权或者法律、法规、规章委托外，事业单位不得承担行政处罚职能。
4、定机构规格。事业单位机构规格按现行制度分别确定为局级、副局级、处级、副处级、科级、副科级、股级。直接隶属党委、政府的，一般按党委、政府工作部门的规格确定；隶属党委、政府工作部门的，一般按工作部门内设机构规格确定。要本着逐步规范、从严掌握的原则，严格控制机构升格。
5、定内设机构。本着精简、统一、效能的原则，按照新确定的职责任务、编制，统筹设置内设机构。编制在12名以内的原则上不设内设机构；编制为20名的，可设3——4个内设机构；编制在21名以上的，适当设置。行政管理和后勤服务等非业务性机构应综合设置，不得超过内设机构的30％。内设机构的设置要规范化。处级、副处级事业单位，其内设机构规格分别按科级、副科级确定；科级、副科级事业单位，其内设机构规格按股级确定。
6、定人员编制。根据事业单位所承担的职责任务，精简核定编制。各区、县(市)和地林直各部门所属财政全额拨款、差额补助事业单位的编制要精简10％以上。职责弱化、编制数额与职责任务不相适应的事业单位要压缩编制，原则上收回其空编；行政事业收费和实行市场化、企业化运作并有空编的事业单位要适当收减编制；已超编的财政拨款事业单位也要按精简比例削减编制，人员递减要在两年内完成。超编单位不再增加人员编制；经营型转企改制事业单位编制全部收回。除原由省核定的事业单位编制外，其它事业单位的编制要按照分级管理的原则进行核定。
7、定人员结构。事业单位人员结构分五类：(1)专业技术人员；(2)业务人员；(3)管理人员(含党政领导人员)；(4)生产工人；(5)工勤人员。人员结构核定标准按省编委《关于事业单位实行人员结构管理的通知》(黑编〔1991〕74号)执行。各区、县(市)和地林直各部门要严格控制行政后勤人员增长，提高专业技术人员比例，压缩管理人员和工勤人员比例。
8、定领导职数。事业单位领导职数以事业编制数为依据。具体核定标准：处级或副处级事业单位的处级(副处、正科)领导职数，编制5—8名，原则上设1一2职，8—21名设2—3职，l01名以下或以上设3—4职，工作量较大的事业单位可增加1名副职，合署办公和挂牌的事业单位领导职数可增加1名副职。副处级事业单位领导职数中副职为正科级。领导职数要按照管理权限由有关部门核定后，写入机构编制规定中。
9、定经费形式。严格按照公共支出范围，界定规范事业单位范围及经费形式。经费形式由各级机构编制部门会同财政部门确定，分为财政全部供给、部分供给和自收自支3种。鼓励有条件的事业单位增强创收能力，逐年减少财政补助额度，向经费自理过渡
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